Les colorations histologiques permettent de visualiser l’architecture des tissus grâce à des colorants ayant une affinité particulière pour certains composés. Elles sont généralement réalisées sur des coupes en paraffine mais peuvent aussi se faire sur des coupes cryostat. L’Hématoxyline (coloration des noyaux cellulaires en violet) et l’Eosine (coloration du cytoplasme des cellules en rose) sont les colorants les plus fréquemment utilisés, en particulier pour l’analyse histopathologique des tissus animaux et humains. Des colorants plus spécifiques peuvent également être employés comme le Bleu Alcian (coloration des mucus acides en bleu turquoise), le Oil RedO (coloration des lipides en rouge), le von Kossa (coloration des dépôts de calcium en noir), le Trichrome de Masson (coloration du collagène en bleu, des noyaux en noir et du cytoplasme en rouge), la coloration de Gram (coloration des bactéries Gram+ en violet et des bactéries Gram- en rose) et la coloration de May-Grünwald Giemsa (coloration des éléments figurés du sang).

Une fois colorées, les coupes sont observées en microscopie optique à fond clair.