Cette technique consiste à fixer les tissus de l’animal (rat, souris) en perfusant le fixateur directement dans le réseau vasculaire de l’animal. Après anesthésie profonde, on pratique une thoracotomie puis on insère un cathéter à l’apex du ventricule gauche et on incise l’oreillette droite. On fait ensuite circuler le fixateur (paraformaldéhyde et/ou glutaraldéhyde dans un tampon approprié) grâce à une pompe péristaltique à débit constant pendant quelques minutes. Comparée à la perfusion par immersion, qui consiste à prélever les organes et à les immerger dans le fixateur, cette approche permet de minimiser la durée d’hypoxie des tissus, d’accélérer la diffusion du fixateur dans la profondeur des tissus et ainsi de minimiser les artéfacts de fixation.